第七天，燕军在陕郡大败，官军乘势挥师洛阳，安庆绪带着1300余人仓皇北逃邺城（今河北省邯郸市临漳县），十月十八，广平王李豫率军收复洛阳。尹子琦闻报后，兵无斗志，也带人连夜撤离睢阳，向北逃窜。
睢阳陷落与安庆绪北逃相距仅7天。也就是说，尹于奇打下睢阳，来不及继续沿运河向东南推进就被迫北撤了。如果不是张巡、许远步步为营，沿运河一线拼死抗击叛军达两年之久，所谓“以寡击众，以弱制强，…保江淮以待陛下之师”的话，运河、江淮恐巳早非唐有：江淮动摇，则肃宗在灵武之经营就会因失去财源而失败；“唐人以全江淮为巡，远功”，绝非过誉。
江一尘第一件事进城寻找张巡等人，多方打听下，才知道城破当日，张巡等人已经英勇就义，而许远被尹子琦派人押赴洛阳，后安庆绪帅其党逃跑时，杀所获唐将。许远亦以不屈死于偃师。
尹子琦进入睢阳，首先命令把被俘的张巡等人押上来，虽有损目之仇，因为壮其义，爱其才，尹子琦还打算劝降张巡。
张巡是最后一个押进来的，众人见了他，站起来痛哭，张巡道：“安之，勿怖，死乃命也。”众不能仰视。尹子奇对张巡：“闻公督战，大呼辄眦裂血面，嚼齿皆碎，何至是？”张巡答道：“吾欲气吞逆贼，顾力屈耳。”尹子奇大怒，以刀抉其口，齿存者三四。张巡大骂道：“我为君父死，尔附贼，乃犬彘也，安得久！”尹子琦尽管被骂的狗血喷头，还是钦服张巡的节气，命人解开张巡的绑缚。边上有人道：“彼守义者，乌肯为我用？且得众心，不可留。”尹子琦令人用刀架在张巡的脖子上，逼其投降。
张巡毫不屈服，尹子琦无奈，转而逼南霁云投降，南霁云没有作声。张巡大声道：“南八！男儿死尔，不可为不义屈！”南霁云笑道：“欲将有为也，公知我者，敢不死！”亦不肯降，乃与姚訚、雷万春等三十六人遇害，张巡当时四十九岁。（注：此处引用史载原文，觉得文言文才能描述出张巡等人气壮山河的忠义节烈，白话就略逊一筹了。）
张巡等人被杀害在睢阳的一个小巷子中，后人称此巷为断头巷，众人遗体混在一起，无法辨认，不能为其一一安葬。
胡婉心道：“尸身难辨，何不试试招魂之法？让每个人自己认领遗体。”江一尘大喜，道：“此法可行，但是阴魂无法发声，如何告知？”胡婉心想了想道：“可以在遗体的衣服口袋中放上煮熟的鸡蛋，剥去蛋壳，以上面多少齿痕为信。”
是夜，江一尘在断头巷张巡就义处设下法坛，做法招魂。子夜时分，一阵阴风过去，阴魂现形，影影绰绰有几十个之多。江一尘定睛看时，前面的正是张巡，后面跟着雷万春和南霁云等人。
江一尘躬身道：“张帅，雷将军，南将军，英魂不散，重现人间，当知睢阳已经被我军收复，天下清平可期，诸位浩然正气，将永垂于世！今日一尘为大家安葬遗体，奈何几不可辨，烦请诸位兄长在鸡蛋上留下印痕！”言毕泪如泉涌，胡婉心也是潸然泪下。
天明检点鸡蛋，果然有齿痕，有多有少，也有没有留下的，江一尘和胡婉心一一分辩清楚，安葬张巡等人。
气吞山河的睢阳之战至此落幕，那时不少人就有议论，怪罪张巡死守睢阳不撤，与其食人而守，不如全人而走。张巡友人李翰为之作传，上表肃宗，言道：“巡以寡击众，以弱制强，保江、淮以待陛下之师，师至而巡死，巡之功大矣。而议者或罪巡以食人，愚巡以守死，善遏恶扬，录瑕弃用，臣窃痛之！巡所以固守者，以待诸军之救，救不至而食尽，食既尽而及人，乖其素志。设使巡守城之初已有食人之计，损数百之众以全天下，臣犹曰功过相掩，况非其素志乎！今巡死大难，不睹休明，唯其令名是其荣禄。若不时纪录，恐远而不传，使巡生死不遇，诚可悲焉！臣敢撰传一卷献上，乞编列史官。”于是张澹、李纾、董南史、张建封、樊晁、朱巨川、李翰都谓张巡蔽遮江、淮，沮贼势，天下不亡，其功也。
李翰等皆是有名之士，，影响力巨大，于是天下再无异言。肃宗下诏，赠张巡扬州大都督，远荆州大都督，南霁云开府仪同三司、再赠扬州大都督，并宠其子孙。睢阳、雍丘赐徭税三年。张巡儿子张亚夫拜金吾大将军，许远儿子许玖婺州司马。
肃宗命人在睢阳城南七华里建双庙，纪念张巡和许远，南霁云配享。后来又建五王庙，增加了雷万春和贾贲。宋大观年间又增加了姚闫。追封张巡为忠烈侯，许远为忠义侯，南霁云为忠壮侯，雷万春为忠勇侯，贾贲为忠济侯，姚闫赐爵为上公。改“五王庙”为“协忠祠”。元代至元二十六年，以为离城太远，迁至宋城上。明永乐年间迁州治东。弘治十五年，黄河决口，协忠祠毁于水。正德年间迁往新城，因祭祀的是六忠烈，所以又称“六忠祠”。
1991年迁至南门外，改为张巡祠。现在台湾崇拜张巡者达1000多万人，有张巡庙宇2000多座。几年来，台湾已多次组团来商丘祭祀张巡等人，用他们的话说：“如果没有张王爷守睢阳，也就没有我们的今天”。他们为什么这样说呢?因为他们的祖先大都是江淮一带的人，由于张巡守住睢阳，保障了江淮，所以，他们对张巡无限敬仰。当时有识之士就评论张巡、许远守睢阳说：“无睢阳即无江淮，无睢阳即无大唐。”可见张巡、许远守睢阳的战略意义。